Lorsqu'un certificat de sécurité unique est délivré, il peut subsister des préoccupations résiduelles, c'est-à-dire des problèmes mineurs, mis en évidence au cours de l'instruction de la demande de certificat de sécurité unique, qui n'empêchent pas sa délivrance et dont la résolution peut être différée.
Le certificat de sécurité unique est modifié à la requête du demandeur une fois que toutes les préoccupations résiduelles ont été résolues.
L'Etablissement public de sécurité ferroviaire peut solder les préoccupations résiduelles lors du renouvellement et de la modification du certificat de sécurité unique du demandeur.