Les horaires de début et de fin de mission correspondent aux horaires inscrits sur l'ordre de mission.
Toutefois, pour tenir compte du délai nécessaire à l'agent pour rejoindre le lieu de transport en commun et pour en revenir, un délai forfaitaire d'une heure est pris en compte dans la durée de la mission, ce délai s'appliquant deux fois : avant l'heure de départ et après l'heure de retour. Ce délai est porté à deux heures et trente minutes en cas d'utilisation de l'avion et du bateau.
Si l'agent ne dispose pas de titres de transport, la mission commence à l'heure de départ de la résidence administrative et se termine à l'heure de retour dans cette même résidence. Le chef de service peut autoriser le remplacement de la résidence administrative par la résidence familiale pour tenir compte de situations particulières, il le précise alors sur l'ordre de mission.