Le deuxième cycle de formation, de trois années, s'effectue dans une école supérieure partenaire choisie notamment pour le contenu de la formation académique nécessaire au corps des ingénieurs militaires d'infrastructure de carrière. Les conditions d'exercice de ce cycle sont fixées par protocole signé par le directeur de cette école et le directeur central du service d'infrastructure de la défense.

La durée du deuxième cycle de formation est réduite à deux années pour les élèves ingénieurs recrutés selon les dispositions fixées au b du 1° de l'article 5 du décret du 20 octobre 2010 susvisé.