L'Ecole nationale supérieure des ingénieurs d'infrastructure militaire est placée sous le commandement du directeur de l'Académie ministérielle de l'infrastructure, responsable notamment de la formation initiale dispensée et de la discipline.

Le conseil de formation, prévu à l'article 21 du présent arrêté, se réunit au moins une fois par an. Il est consulté sur le contenu et le déroulement des formations et il propose les évolutions de la scolarité qui lui paraissent nécessaires.