Les candidats au recrutement font systématiquement l'objet d'un dépistage de l'usage de stupéfiants. Ce dépistage urinaire de toxiques survient au temps de l'incorporation, au minimum un mois après signature de l'attestation de mise en garde contre l'usage, la détention ou le trafic de stupéfiants et contre la consommation excessive d'alcool. Pour les candidats provenant des territoires d'outre-mer, ce dépistage est effectué avant le départ vers la métropole pour l'incorporation. Dans ce cas, si sa réalisation date de plus d'un mois, il est alors renouvelé au temps de l'incorporation.
En cas de positivité, une décision d'inaptitude temporaire au service est prise, dans l'attente d'un nouveau dépistage, et une information du candidat ou de la recrue est réalisée par le service de santé des armées.
Le deuxième dépistage de toxiques survient au minimum un mois après cette information. Tout résultat positif confirmé lors de ce deuxième dépistage entraîne l'inaptitude définitive à servir dans la marine.