Une commission pédagogique est placée auprès du directeur d'établissement de formation. Elle comprend, outre le directeur d'établissement ou son représentant, le responsable de la formation, deux enseignants ou formateurs intervenant dans la formation préparant au diplôme d'Etat de moniteur éducateur, un candidat suivant la formation, deux représentants du secteur professionnel.
Elle veille à la mise en œuvre des orientations du projet pédagogique et aux conditions générales d'organisation de la formation.