L'instruction des demandes d'aide est confiée, en métropole, aux directions inter-régionales de la mer et, en outre-mer, aux directions de la mer.
Le paiement de l'aide est assuré par l'Enim. Une convention conclue entre l'Etat et l'Enim fixe le rôle de ce dernier et les conditions dans lesquelles les montants versés par l'établissement sont compensés par l'Etat.