Le directeur de l'office est le magistrat mentionné au VII de l'article 28-1 du code de procédure pénale. Il exerce ses fonctions auprès du directeur général des douanes et droits indirects et du directeur général des finances publiques.
Il exerce son autorité hiérarchique sur l'ensemble des entités et des personnels affectés dans l'office.
Il est assisté, pour l'ensemble de ses attributions, de deux adjoints relevant de la direction générale des douanes et droits indirects et de la direction générale des finances publiques, qui le suppléent en cas d'absence.
Il peut déléguer sa signature à ses adjoints dans les domaines où il exerce des pouvoirs propres.
En outre, il peut donner délégation à ses adjoints et à ses autres collaborateurs pour signer, dans la limite de leurs attributions, tous actes relatifs aux affaires pour lesquelles il a lui-même reçu délégation du ministre chargé du budget en application de l'article 1er du décret du 27 juillet 2005 susvisé.