Un commissaire du Gouvernement, nommé par arrêté du Premier ministre, est placé auprès de la commission. Il peut être suppléé par un ou plusieurs adjoints nommés dans les mêmes formes.
Le commissaire du Gouvernement reçoit copie des rapports établis par les rapporteurs à l'issue de l'instruction des dossiers. Il formule des observations écrites ou orales. Il assiste aux séances au cours desquelles les rapports sont examinés.