Le conseil scientifique comprend onze personnalités qualifiées, dont au moins une de nationalité étrangère, nommées par arrêté du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de l'industrie, dont :
1° Deux personnalités de l'industrie du numérique proposées par le ministre chargé de l'économie numérique ;
2° Deux personnalités, choisies parmi les utilisateurs des technologies relevant du champ de compétences de l'établissement, proposées par le ministre chargé de l'industrie ;
3° Trois personnalités scientifiques proposées par le ministre chargé de la recherche ;
4° Trois personnalités scientifiques proposées par le ministre chargé de l'enseignement supérieur ;
5° Une personnalité scientifique proposée par le ministre de la défense.
Le conseil scientifique comprend également quatre membres du personnel de l'institut ou leur suppléant, dont trois chercheurs, élus par le personnel. Les modalités d'organisation des élections ainsi que les modalités de remplacement des membres élus sont fixées par le règlement intérieur de l'institut.
La durée du mandat des membres du conseil scientifique est de cinq ans renouvelable une fois.
Le président du conseil scientifique, choisi parmi les personnalités qualifiées, est nommé par arrêté du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de l'industrie.
Les membres démissionnaires ou décédés ou qui n'exercent plus les fonctions au titre desquelles ils avaient été désignés sont remplacés. Dans ce cas, le mandat des nouveaux membres expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui des membres qu'ils remplacent.
Les fonctions de membres du conseil scientifique sont gratuites. Toutefois, les frais de déplacement et de séjour sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.