Le président de l'autorité adresse les rapports, les avis et recommandations aux institutions européennes par l'intermédiaire du secrétaire général des affaires européennes.

Le président de l'autorité adresse aux ministres concernés, au commissaire général à l'égalité des territoires, chargé de la coordination des fonds européens, et aux autorités de gestion, de paiement et de certification concernées, les rapports, les avis et recommandations que l'autorité adopte.

Les documents destinés à la Cour des comptes européenne sont transmis, par l'intermédiaire du secrétaire général des affaires européennes, au premier président de la Cour des comptes qui les communique à la Cour européenne.