La caisse de coordination aux assurances sociales tient une comptabilité distincte retraçant, d'une part, les opérations relatives aux frais de santé mentionnées au c de l'article 3 et, d'autre part, les opérations relatives aux prestations statutaires mentionnées au d de l'article 3. La contribution de la Régie autonome des transports parisiens est inscrite en ressources aux comptes de résultat des risques gérés par la caisse. A partir des ordres de paiements et de recettes établis par la caisse, la trésorerie de l'entreprise procède aux paiements de toute nature relevant des risques maladie, invalidité, accidents du travail et maladies professionnelles ainsi qu'aux encaissements des ressources externes dont bénéficient ces risques.

Une convention conclue entre la caisse de coordination aux assurances sociales, l'Agence centrale des organismes de sécurité sociale et la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés détermine les modalités selon lesquelles sont effectuées en trésorerie les opérations résultant du I de l'article 9 et l'équilibre de la section comptable relative au remboursement des frais de santé. Cette convention peut prévoir une compensation entre les opérations. Elle est soumise à l'approbation du ministre chargé de la sécurité sociale.