Le service du haut fonctionnaire de défense comprend la sous-direction de la protection du ministère, chargée, au sein du ministère, de l'application des procédures de protection du secret de la défense nationale.

En lien avec la direction de la transformation numérique, la sous-direction de la protection du ministère définit la politique de sécurité des systèmes d'information du ministère. Dans ce domaine, elle est chargée de l'analyse des risques, de la veille et de l'alerte sur les événements de sécurité ainsi que de la spécification et du contrôle des dispositifs de protection.

Elle définit la politique de protection des personnes, des biens et des activités au sein du ministère.

Le service du haut-fonctionnaire de défense est chargé par ailleurs d'animer l'action territoriale en matière de sécurité des secteurs d'activité d'importance vitale et s'assure de l'élaboration et de la mise en œuvre des politiques de sécurité dans le secteur d'importance vitale activités civiles de l'Etat. Il est chargé, en ce qui concerne le ministère, de l'élaboration, de l'actualisation et du suivi du plan gouvernemental de vigilance, de prévention et de protection. Elle élabore les instructions en vue de l'application territoriale de ce plan.

Il anime le dispositif territorial d'intelligence et de sécurité économiques.