Les modifications suivantes sont considérées comme substantielles :

- modification des conditions et limites fixées par l'arrêté d'autorisation ;
- modification des conditions et exigences réglementaires figurant dans les documents du référentiel d'autorisation, dès lors qu'elle est considérée substantielle par le ministre compétent.

Pour une modification substantielle, l'opérateur présente une demande qui comprend les éléments qui suivent :
1° Un dossier conforme à l'article 106 ;
2° Un document précisant les éventuelles différences entre le dossier fourni pour le 1° et le dossier fourni pour l'autorisation précédente.
La demande est instruite dans les conditions prévues à l'article 107. Le ministre compétent accorde la modification par arrêté modifiant l'arrêté d'autorisation.