A Mayotte, la direction de l'environnement, de l'aménagement, du logement et de la mer est un service déconcentré relevant des ministres chargés de l'environnement, de l'énergie, du développement durable, de l'équipement, du logement, de l'urbanisme, des transports et de la mer, mis à disposition du ministre chargé de la pêche maritime et de l'aquaculture et en tant que de besoin du ministre chargé de la ville. Elle exerce ses compétences sur les espaces maritimes placés sous la souveraineté ou sous la juridiction de l'Etat au large de Mayotte.