A compter du 1er février 2003, l'appellation "musée de France" est attribuée en application de l'article 18-II de la loi du 4 janvier 2002 susvisée aux musées ci-après désignés :
| DÉPARTEMENTS | COMMUNES | NOM DU MUSÉE |
| Alsace | ||
| Bas-Rhin (67). | Strasbourg. | Musée zoologique de l'université Louis Pasteur et de la ville de Strasbourg. |
| Haut-Rhin (68). | Colmar. | Muséum d'histoire naturelle et d'ethnographie. |
| Mulhouse. | Musée minéralogique de la société industrielle de Mulhouse. | |
| Aquitaine | ||
| Gironde (33). | Bordeaux. | Muséum d'histoire naturelle. |
| Pyrénées-Atlantiques (64). | Bayonne. | Muséum d'histoire naturelle. |
| Auvergne | ||
| Cantal (15). | Aurillac. | Musée des sciences. |
| Haute-Loire (43). | Chilhac. | Musée de paléontologie. |
| Puy-de-Dôme (63). | Menat. | Musée paléontologique. |
| Bourgogne | ||
| Yonne (89). | Auxerre. | Musée d'histoire naturelle. |
| Centre | ||
| Cher (18). | Bourges. | Muséum d'histoire naturelle Gabriel-Foucher. |
| Eure-et-Loir (28). | Chartres. | Muséum des sciences naturelles et de Préhistoire. |
| Indre (36). | Langé. | Musée de géologie régionale. |
| Le Blanc. | Musée ornithologique. | |
| Indre-et-Loire (37). | Savigné-sur-Lathan. | Musée du Savignéen. |
| Tours. | Muséum d'histoire naturelle. | |
| Loir-et-Cher (41). | Blois. | Muséum d'histoire naturelle. |
| Champagne-Ardenne | ||
| Aube (10). | Troyes. | Muséum d'histoire naturelle. |
| Franche-Comté | ||
| Doubs (25). | Besançon. | Muséum d'histoire naturelle. |
| Languedoc-Roussillon | ||
| Hérault (34). | Béziers. | Muséum d'histoire naturelle. |
| Pyrénées-Orientales (66). | Perpignan. | Muséum d'histoire naturelle. |
| Lorraine | ||
| Meurthe-et-Moselle (54). | Nancy. | Muséum-aquarium de Nancy. |
| Midi-Pyrénées | ||
| Aveyron (12). | Decazeville. | Musée régional de géologie Pierre-Vetter. |
| Gers (32). | Marciac. | Musée Joseph Abeilhe. |
| Hautes-Pyrénées (65). | Bagnères-de-Bigorre. | Muséum d'histoire naturelle. |
| Tarn (81). | Gaillac. | Musée d'histoire naturelle Philadelphe-Thomas. |
| Tarn-et-Garonne (82). | Montauban. | Musée d'histoire naturelle Victor-Brun. |
| Nord - Pas-de-Calais | ||
| Nord (59). | Lille. | Musée d'histoire naturelle et de géologie. |
| Pas-de-Calais (62). | Boulogne-sur-Mer. | Muséum d'histoire naturelle. |
| Basse-Normandie | ||
| Calvados (14). | Caen. | Musée d'initiation à la nature. |
| Villers-sur-Mer. | Musée paléontologique. | |
| Manche (50). | Cherbourg. | Muséum Emmanuel Liais. |
| Haute-Normandie | ||
| Seine-Maritime (76). | Elbeuf. | Musée municipal. |
| Le Havre. | Muséum d'histoire naturelle. | |
| Rouen. | Muséum d'histoire naturelle, d'ethnographie et de Préhistoire. | |
| Pays de la Loire | ||
| Maine-et-Loire (49). | Angers. | Muséum des sciences naturelles. |
| Mayenne (53). | Laval. | Musée des sciences. |
| Sarthe (72). | Le Mans. | Musée vert Véron-de-Forbonnais. |
| Vendée (85). | La Chaize-le-Vicomte. | Musée ornithologique Charles-Payraudeau. |
| Picardie | ||
| Aisne (02). | Saint-Quentin. | Musée entomologique. |
| Somme (80). | Amiens. | Musée d'histoire naturelle. |
| Poitou-Charentes | ||
| Deux-Sèvres (79). | Niort. | Musée d'histoire naturelle. |
| Vienne (86). | Poitiers. | Collection d'histoire naturelle. |
| Provence-Alpes-Côte d'Azur | ||
| Alpes-Maritimes (06). | Nice. | Muséum d'histoire naturelle. |
| Var (83). | Toulon. | Muséum d'histoire naturelle. |
| Rhône-Alpes | ||
| Ardèche (07). | Privas. | Musée de la terre ardéchoise. |
| Rhône (69). | Lyon. | Muséum d'histoire naturelle. |
| Savoie (73). | Chambéry. | Muséum d'histoire naturelle. |
| Ile-de-France | ||
| Yvelines (78) | Louveciennes. | Musée du domaine royal de Marly Louveciennes/ Marly-le-Roi |
| DOM | ||
| Guadeloupe (971). | Pointe-à-Pitre. | Musée L'Herminier. |
| Martinique (972). | Fort-de-France. | Muséum d'histoire naturelle. |
| Saint-Pierre-de-la-Martinique. | Musée Franck A. Perret-mémorial de la catastrophe de 1902. |