Les orientations du comité stratégique interministériel NRBC présidé par le secrétariat général de la défense et de la sécurité nationale, fixent le cadre de la programmation pour le centre. Les objectifs du centre s'inscrivant dans ce cadre sont :

- l'amélioration au plan national des capacités d'intervention face aux risques et aux menaces de nature nucléaire, radiologique, biologique, chimique et explosive, par l'élaboration d'une offre pédagogique interministérielle définissant les programmes, les contenus, et permettant l'application de procédures conjointes d'intervention dans le cadre des compétences propres à chacun des acteurs ;
- la réalisation de formations interministérielles, en application de la doctrine de l'Etat pour la prévention et la réponse aux crises nucléaire, radiologique, biologique, chimique, des textes réglementaires et des référentiels de compétences ;
- le développement d'entraînements interministériels, afin de mettre en situation les acteurs de secours, de sécurité, de défense et de santé ;
- la participation, au plan international, au développement d'actions de coopération en matière de formation des intervenants sur un événement nucléaire, radiologique, biologique, chimique et explosif.