L'IREL est administré par un conseil de direction. Il est dirigé par un directeur.
Conformément à l'article 2 de l’arrêté du 19 avril 2021 modifiant l'arrêté du 6 mars 2006 portant création à l'Ecole pratique des hautes études de l'Institut européen en sciences des religions et changeant la dénomination de l'institut en Institut d'étude des religions et de la laïcité, ces dispositions entrent en vigueur le 1er juillet 2021.