Le conseil de direction délibère sur les orientations générales de l'IREL, son budget, son offre de formation, ses programmes de recherche, la constitution, le développement et les modalités de fonctionnement de son réseau.
Il adopte le règlement intérieur de l'IREL.
Il est réuni au moins une fois par an à l'initiative de son président ou de la moitié de ses membres. Son ordre du jour est fixé par son président, en accord avec le directeur de l'IREL .
Conformément à l'article 2 de l’arrêté du 19 avril 2021 modifiant l'arrêté du 6 mars 2006 portant création à l'Ecole pratique des hautes études de l'Institut européen en sciences des religions et changeant la dénomination de l'institut en Institut d'étude des religions et de la laïcité, ces dispositions entrent en vigueur le 1er juillet 2021.