La direction des fonds est chargée, en lien avec les autres directions :

- en lien avec les services et missions d'archives ministériels, de collecter, trier, étudier, classer et inventorier les archives publiques et privées, papier et numériques, placées sous la responsabilité du service Archives nationales ;
- de participer à l'orientation des chercheurs, à la communication et à la valorisation culturelle et scientifique des documents, à l'organisation de colloques et journées d'études ;
- de participer à des projets de recherche dans le cadre de partenariats avec des établissements de l'enseignement supérieur et de la recherche et avec d'autres établissements culturels et patrimoniaux ;
- de valoriser et transmettre son expertise scientifique sur les fonds dont elle a la responsabilité.