L'établissement est soumis, en matière de gestion financière et comptable, aux règles applicables aux sociétés industrielles et commerciales.
Les comptes de l'établissement sont certifiés par un commissaire aux comptes.
L'établissement tient une comptabilité analytique de ses activités.
Ses disponibilités sont déposées au Trésor dans les conditions définies aux articles 46, 47 et 197 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Conformément à l'article 12 du décret n° 2021-29 du 14 janvier 2021, ces dispositions entrent en vigueur le 1er octobre 2021.