Le collaborateur médecin des armées remplit les missions que lui confie le médecin qualifié en médecine du travail qui l'encadre, en fonction des compétences et de l'expérience qu'il a acquises.
Un protocole écrit définit les activités que réalise le collaborateur médecin des armées, sous la responsabilité du médecin qualifié en médecine du travail, notamment les conditions dans lesquelles le collaborateur médecin des armées procède aux examens prévus dans le cadre du suivi individuel de l'état de santé de l'agent.