Le jury d'examen est composé d'enseignants titulaires du certificat d'aptitude à l'enseignement d'initiation à la mer et d'un inspecteur du second degré, désignés par le recteur d'académie. Sur proposition du chef du service de recrutement de la marine nationale, le cas échéant, le recteur invite également à participer au jury des représentants de la marine nationale. Sur proposition du directeur inter-régional de la mer ou de l'autorité compétente outre-mer, le cas échéant, le recteur invite également à participer au jury des représentants des organisations professionnelles représentatives des métiers de la mer et des services sous tutelle du ministre chargé de la mer. La présidence du jury est assurée par l'inspecteur du second degré.
Les notes définitives résultent de la délibération du jury, qui dispose des notes attribuées par les correcteurs. Le jury décide de la délivrance de l'examen du brevet d'initiation à la mer, pour laquelle il est souverain.
Chaque recteur décide du nombre de jurys à constituer en fonction du nombre de candidats.