Le comité opérationnel départemental anti-fraude dispose d'un secrétariat permanent, assuré par un ou plusieurs agents des administrations de l'Etat ou des organismes de protection sociale, dont l'un au moins est compétent en matière de lutte contre le travail illégal. Les secrétaires permanents sont désignés conjointement par les deux présidents.
Le secrétariat permanent prépare les réunions du comité et apporte, le cas échéant, son concours technique à l'organisation des opérations de contrôle. Il communique les relevés de décisions et les synthèses d'opérations à la mission.
Il s'assure de la transmission, entre les services chargés des contrôles, les organismes chargés du recouvrement et les organismes et services chargés des prestations et allocations, des informations et documents nécessaires à l'accomplissement de leurs missions.