La fermeture de l'entrepôt fiscal de stockage fait l'objet d'une décision du directeur interrégional des douanes et droits indirects ou, en Guadeloupe, en Guyane, à La Réunion et à Mayotte, du directeur régional des douanes et droits indirects territorialement compétent qui peut intervenir :

- à la demande du titulaire de l'autorisation d'exploiter ;

- à l'initiative de l'administration des douanes en cas de non-respect des conditions de fonctionnement de l'entrepôt ou en cas d'inactivité de l'entrepôt durant deux années consécutives.

En cas de fermeture de l'entrepôt fiscal de stockage, le titulaire de l'autorisation d'exploiter est tenu de régulariser la situation douanière et fiscale des produits.

Il n'est libéré de ses obligations vis-à-vis de l'administration des douanes qu'à la clôture des comptes de l'entrepôt.