Le stock comptable est déterminé sur la base du stock initial, d'une part, augmenté des entrées de la période, d'autre part, diminué des sorties de la période.

S'agissant des essences donnant lieu à récupération de composés organiques volatils, la détermination des quantités de ces composés organiques volatils ainsi que les modalités de leur prise en compte dans la comptabilité sont définies par arrêté du ministre chargé des douanes.

Le stock physique est établi au moins une fois par mois par le titulaire de l'entrepôt.