Le fonds d'aide aux professionnels de santé conventionnés dont l'activité est particulièrement affectée par l'épidémie de covid-19 est financé par une participation des régimes obligatoires d'assurance maladie dont le montant est fixé par arrêté des ministres chargés de la sécurité sociale et du budget.
Les mutuelles et unions régies par le code de la mutualité, les institutions de prévoyance régies par le livre IX du code de la sécurité sociale et les entreprises régies par le code des assurances peuvent contribuer au financement du fonds. Le montant et les modalités de cette contribution sont définis dans le cadre d'une convention conclue entre la Caisse nationale de l'assurance maladie et les organismes volontaires.