Le service réalise, sous réserve des compétences du commandement spécialisé pour la sécurité nucléaire, des enquêtes administratives destinées à vérifier, au regard de l'objectif de prévention du terrorisme et des atteintes à la sécurité et à l'ordre public et à la sûreté de l'État, que le comportement de personnes physiques ou morales n'est pas incompatible avec l'autorisation d'accès à des sites sensibles ou l'exercice de missions ou fonctions sensibles dont elles sont titulaires ou auxquelles elles prétendent, ou avec l'utilisation de matériels ou produits présentant un caractère dangereux ou avec la délivrance, le renouvellement ou le maintien d'un titre ou d'une autorisation de séjour, ou avec l'acquisition de la nationalité française ou avec la délivrance ou le maintien de la protection internationale.

Dans ce cadre, le service :

- consulte de manière directe ou indirecte des traitements de données à caractère personnel relatifs à la prévention du terrorisme ou des atteintes à la sécurité et à l'ordre publics et évalue, exploite et analyse les informations ainsi recueillies afin d'émettre un avis, le cas échéant par délégation du ministre de l'intérieur, ou de produire un document de synthèse des éléments pertinents de l'enquête ;

- élabore une doctrine en matière d'enquêtes administratives pour homogénéiser les pratiques dans les domaines qui lui sont confiés ;

- assure le traitement des recours administratifs diligentés à l'encontre de ses avis.