Le service national d'ingénierie aéroportuaire est dirigé par un directeur.

Le directeur du service national d'ingénierie aéroportuaire est nommé en qualité de sous-directeur dans les conditions prévues par les dispositions du décret n° 2012-32 du 9 janvier 2012 relatif aux emplois de chef de service et de sous-directeur des administrations de l'Etat.

Il a autorité sur les personnels du service. Il est représentant du pouvoir adjudicateur. Il a qualité d'ordonnateur secondaire du budget général de l'Etat et du budget annexe contrôle et exploitation aériens.