Le conseil élabore son règlement intérieur, qui est soumis à l'approbation du recteur d'académie.

Le secrétariat est assuré par un fonctionnaire qui peut n'être pas membre du conseil. Un représentant des aides-éducateurs peut être désigné par le conseil en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.

Les trois quarts des membres doivent être présents lors de l'ouverture de la séance. Lorsque ce quorum n'est pas atteint, une nouvelle convocation est envoyée dans un délai de huit jours. Le conseil siège alors valablement si la moitié de ses membres sont présents.

Il émet ses avis à la majorité des membres présents. S'il est procédé à un vote, celui-ci a lieu à main levée ou à bulletin secret sur la demande de la moitié de ses membres.

Les avis rendus par le conseil sont adressés, par le recteur d'académie, aux établissements publics locaux d'enseignement et aux écoles où exercent des aides-éducateurs. Ces avis sont ensuite portés à la connaissance des aides-éducateurs.

Les séances du conseil ne sont pas publiques.