Les missions des sous-directions de la direction des affaires juridiques sont les suivantes :
La sous-direction du droit international public connaît de toute question juridique relative au droit international public et aux organisations internationales.
La sous-direction du droit de l'Union européenne et du droit international économique traite, en liaison avec le secrétariat général des affaires européennes, de toute question de droit de l'Union européenne et assure la gestion des contentieux devant la Cour de justice de l'Union européenne. Elle traite de toute question de droit international économique.
La sous-direction des droits de l'homme connaît de toute question juridique relative aux droits de l'homme, aux réfugiés, à la circulation des personnes et au statut des étrangers en France. Elle assure la gestion des contentieux devant la Cour européenne des droits de l'homme.
La sous-direction du droit de la mer, du droit fluvial et des pôles connaît de toute question internationale relative à la mer, aux pêches, aux fonds marins et aux régimes juridiques des fleuves internationaux. Elle est également compétente à l'égard de toute question relative aux pôles.