La direction de la protection judiciaire de la jeunesse comprend :

- la sous-direction des missions de protection judiciaire et d'éducation ;
- la sous-direction du pilotage et de l'optimisation des moyens ;
- la sous-direction des ressources humaines et des relations sociales.

Le directeur de la protection judiciaire de la jeunesse est responsable de la politique de communication interne et externe de la direction, en lien avec le secrétariat général.