L'Agence publique pour l'immobilier de la justice est administrée par un conseil d'administration et dirigée par un directeur général. Le conseil d'administration comprend, outre son président :

1° Sept membres de droit :

a) Le secrétaire général du ministère de la justice ou son représentant ;

b) Le directeur des services judiciaires ou son représentant ;

c) Le directeur de l'administration pénitentiaire ou son représentant ;

d) Le directeur de la protection judiciaire de la jeunesse ou son représentant ;.

e) Le directeur du budget ou son représentant ;

f) Le directeur général de l'aménagement, du logement et de la nature ou son représentant ;

g) Le directeur de l'immobilier de l'Etat ou son représentant.

2° Sept personnalités désignées par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice, parmi lesquelles deux chefs de cours d'appel ou de tribunaux judiciaires, un directeur interrégional des services pénitentiaires et un chef d'établissement pénitentiaire ;

3° Deux représentants du personnel de l'agence élus selon des modalités fixées par délibération du conseil d'administration.