Le directeur est nommé pour un mandat d'une durée de cinq ans immédiatement renouvelable une fois, par décret du Président de la République pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur, après appel de candidatures publié au Journal officiel de la République française.

Il est choisi parmi les professeurs des universités ou personnel assimilé au sens de l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé.

Chaque candidat à la fonction de directeur présente à l'appui de sa candidature un projet pour l'établissement.

Le ministre chargé de l'enseignement supérieur demande à une commission qu'il a constituée un avis motivé sur les candidatures qu'il a retenues. Cette commission comprend de seize à vingt membres nommés par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur. Elle est composée du secrétaire perpétuel de l'Académie française, du secrétaire perpétuel de l'Académie des inscriptions et belles-lettres, des secrétaires perpétuels de l'Académie des sciences, du secrétaire perpétuel de l'Académie des sciences morales et politiques, de trois dirigeants de grands organismes de recherche, du président de la Bibliothèque nationale de France, de deux professeurs du Collège de France, du président du conseil d'administration de l'école, du président du conseil scientifique de l'école et de personnalités scientifiques françaises et étrangères choisies en raison de leur compétence dans les disciplines correspondant aux missions de l'école.

La commission prend l'avis du président de l'Université PSL.

Les fonctions de directeur sont incompatibles avec l'exercice, au sein de l'école, de fonctions électives au conseil d'administration et au conseil scientifique et de fonctions de directeur de département d'enseignement et de recherche, de laboratoire de recherche, de service et d'institut.