L'établissement peut regrouper en son sein des écoles internes. Ces écoles sont créées et supprimées par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur, sur proposition ou après avis du conseil d'administration.

Les missions et compétences de ces écoles, leurs modalités d'organisation et de fonctionnement, de désignation de leurs responsables ainsi que la durée de leur mandat sont fixées par les statuts de Centrale Lille Institut.