L'agence a pour mission de développer le travail d'intérêt général ainsi que la formation professionnelle, le travail et l'insertion professionnelle et par l'activité économique pour les personnes placées sous main de justice, en particulier dans les établissements pénitentiaires.
A cet effet, elle est chargée :

- de proposer à la garde des sceaux, ministre de la justice, en lien avec les autres ministères concernés, et notamment le ministère du travail, une stratégie nationale du travail d'intérêt général, de l'emploi pénitentiaire et de l'insertion professionnelle et par l'activité économique ;
- de rechercher des structures susceptibles d'accueillir des postes de travail d'intérêt général ainsi que des types d'activités ou de fonctions pour ces postes ; de rechercher des partenaires pour développer la formation professionnelle, le travail et l'insertion professionnelle et par l'activité économique des personnes placées sous main de justice ;
- de coordonner avec les ministères concernés, la mise en œuvre opérationnelle des offres d'activité par les structures partenaires et d'y associer les collectivités territoriales ;
- d'administrer une plate-forme numérique au soutien de ses missions, permettant notamment de recenser et de localiser les offres d'activité ;
- en complément du travail en concession et au service général, d'assurer la gestion en régie de l'emploi dans les établissements pénitentiaires et d'organiser la commercialisation des biens et services produits par les détenus ; à ce titre, elle est chargée de gérer le compte de commerce intitulé « Régie industrielle des établissements pénitentiaires » ;
- d'animer un réseau de partenaires publics et privés sur le territoire ;
- d'assurer la promotion du travail d'intérêt général et de l'emploi pénitentiaire, d'établir des statistiques et d'évaluer la mise œuvre de ces dispositifs ;
- de proposer à la garde des sceaux, ministre de la justice, les évolutions législatives et réglementaires pour faciliter la mise en œuvre opérationnelle des offres d'activité par les structures partenaires.

L'agence participe à l'objectif de réinsertion des personnes placées sous main de justice notamment celles rencontrant des difficultés sociales ou professionnelles.