Les eaux intérieures nationales et les zones de navigation des bateaux entre le premier obstacle à la navigation des navires et la limite transversale de la mer, et à l'aval de cette dernière, sont classées en cinq zones, nommées zone 1, zone 2, zone 3, zone 4 et zone R. Ces cinq zones sont délimitées en annexe 1.
Les eaux intérieures non reliées aux voies d'eau intérieures navigables des autres Etats membres de l'Union européenne, sur lesquelles un certificat de bateau est suffisant pour naviguer au regard de l'article D. 4221-3 du code précité, et sur lesquels les conducteurs peuvent conduire en étant titulaires des certificats de conduite prévus aux articles R. 4231-10 et R. 4231-11 du code précité sont les voies et plans d'eau des départements d'outre-mer ainsi que les marais de Brière et les marais de Bourges.