Les membres, titulaires et suppléants, de la commission ne perçoivent aucune indemnité du fait de leurs fonctions dans celle-ci. Ils sont toutefois indemnisés de leurs frais de déplacement et de séjour dans les conditions fixées par le décret du 3 juillet 2006 susvisé.
Conformément à l'article 4 de l'arrêté du 20 septembre 2018, ces dispositions entrent en vigueur en vue du prochain renouvellement général des instances représentatives du personnel de la fonction publique.