En application de l'article L. 201-9 du code rural et de la pêche maritime, les préfets peuvent confier, sur la partie des zones et compartiments implantés sur leur département, la réalisation des missions de prévention, de surveillance et de lutte prévues par le programme reconnu, autres que celles visées à l'article 4 et celles relevant de l'autorité de police, à l'organisme à vocation sanitaire reconnu dans le domaine animal territorialement compétent. Ces organismes informent sans délai le préfet de toute difficulté rencontrée dans l'exécution du programme.
Lorsqu'un titulaire d'agrément zoosanitaire qui y est soumis ne respecte pas le programme, le préfet le met en demeure de réaliser les mesures qu'il prescrit conformément à ce programme.