Le service du casier judiciaire national, service à compétence nationale, dirigé par un magistrat sous le contrôle et l'autorité du directeur des affaires criminelles et des grâces, comprend :

- le bureau de la qualité et des traitements ;
- le bureau de l'analyse juridique et de l'identité ;
- le bureau des fichiers spécialisés et des échanges internationaux ;
- le bureau des applications informatiques ;
- le bureau de l'administration générale.

Il comprend également les unités directement rattachées au chef de service :

- la cellule chargée de la communication ;
- le secrétariat ;
- la mission sécurité et environnement ;
- le poste de sécurité.