Ce collège est composé d'un membre du Conseil d'Etat proposé par le vice-président du Conseil d'Etat, président du collège, du président du Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur et de personnalités qualifiées au regard de leurs compétences dans les différentes disciplines de l'enseignement supérieur.
Les membres de ce collège sont nommés par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur et de la recherche pour une durée de trois ans, renouvelable une fois. Il ne peut être mis fin à leur mandat qu'avec leur accord exprès.
Le secrétariat du collège de déontologie est assuré par la direction générale des ressources humaines.