La direction des stratégies territoriales comprend :

- la mission des affaires européennes ;
- la sous-direction de l'observation et des analyses statistiques ;
- le pôle ressources et valorisations ;
- le bureau de l'évaluation et de l'expérimentation ;
- le bureau de la prospective et des études ;
- les secrétariats du Conseil national de la montagne, du Conseil national à l'égalité des territoires et du conseil scientifique.