Le préfet peut à tout moment exiger la réalisation d'un audit externe par un organisme d'inspection aux frais de l'exploitant ferroviaire, lorsqu'il existe un doute sérieux sur l'application du système de gestion de la sécurité ou sur son adéquation aux enjeux de sécurité.
Il peut faire procéder à tout moment à des visites de contrôle des exploitants ferroviaires aux fins notamment de vérifier le respect des dispositions du système de gestion de la sécurité.
Les agents effectuent ces visites dans les conditions fixées par les dispositions du titre Ier du livre VII de la première partie de la partie législative du code des transports. Ils peuvent demander communication de tous documents ou pièces nécessaires à l'accomplissement de ces vérifications.
Le préfet peut interdire, restreindre ou suspendre les circulations sur les voies ferrées lorsqu'il existe un risque grave ou imminent pour la sécurité des circulations ou un manquement grave à la réglementation.