Dans le cadre de la formation continue, les enseignants spécialisés et les autres personnels qui souhaitent accroître leurs compétences peuvent demander à participer à un ou plusieurs modules d'approfondissement, ou à un ou plusieurs modules de formation d'initiative nationale correspondant à leur besoin.

Les enseignants spécialisés qui souhaitent se préparer à l'exercice de nouvelles fonctions peuvent demander à participer à un module de professionnalisation dans l'emploi.

La participation aux modules de formation du CAPPEI fait l'objet d'une attestation professionnelle précisant les formations suivies et permettant notamment une mobilité professionnelle dans un nouveau contexte d'exercice des fonctions.