A Mayotte, le représentant de l'Etat peut fixer par arrêté une majoration au montant de la subvention pour les projets qui ne peuvent pas être raccordés à un réseau d'assainissement collectif et pour prendre en compte la topographie du terrain.

Cette majoration est plafonnée pour l'assainissement à 2 704 € (valeur 2016) pour un LATS et à 1 803 € (valeur 2016) pour un LAS et pour la topographie entre 0 % et 11 % du montant de la subvention de base selon la pente du terrain. Ce plafond est révisé chaque année le 1er janvier en fonction de la variation de la moyenne associée à l'indice du coût de la construction du deuxième trimestre de l'année précédente.