A la fin de chaque année, les établissements de rattachement des agents attributaires des crédits d'heures reportés indiquent à l'établissement gestionnaire ainsi qu'à chaque organisation syndicale bénéficiaire le nombre d'heures utilisées. Au vu de ces informations, l'établissement gestionnaire notifie à chaque établissement de moins de 800 agents et dans lequel les crédits d'heures non utilisés avaient été reportés, le montant de la compensation due.
Cette compensation est calculée sur la base d'un coût horaire moyen fixé chaque année par arrêté des ministres chargés de la santé et des affaires sociales.