Le conseil scientifique élit, pour un mandat d'une durée de quatre ans renouvelable une fois, un président ayant la qualité de professeur des universités, de professeur ou de directeur de recherche, parmi les représentants élus des enseignants et des chercheurs exerçant leurs fonctions à titre principal à la Fondation nationale des sciences politiques, à l'Institut d'études politiques de Paris ou dans les unités de recherche auxquelles l'institut participe.