L'Ecole polytechnique est administrée par un conseil d'administration, présidé par le président de l'école. Elle est dirigée par un directeur général, assisté d'un secrétaire général. Un directeur de l'enseignement et de la recherche assiste le président.
L'école comporte un conseil d'enseignement et de recherche et un conseil d'établissement. Elle comprend notamment des départements d'enseignement et de recherche, dont les présidents sont élus en leur sein dans les conditions prévues par le règlement intérieur, et des laboratoires créés par décision du conseil d'administration.