Le conseil d'administration élit, parmi ses membres, pour une durée de six ans, un président, issu du collège des représentants de la région Ile-de-France, ainsi que deux vice-présidents appelés à le suppléer dans l'ordre de leur élection, en cas d'absence ou d'empêchement .

Le conseil d'administration désigne également les membres qui, avec le président et les deux vice-présidents, constituent le bureau. Celui-ci comporte un représentant du collège des représentants de l'Etat désigné en son sein, un représentant de chacun des départements, six représentants de la région, deux représentants de la métropole du Grand Paris et deux représentants des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre et communes visés au d du 1° de l'article 6.