Sans préjudice des contrôles prévus par le décret du 7 novembre 2012 susvisé, l'établissement comporte une commission d'audit et de vérification des comptes chargée :
1° De veiller à la régularité des opérations de gestion et comptables ;
2° D'assurer l'audit interne des procédures des services ordonnateurs et comptables incluant le système de contrôle de gestion.
Sa composition et son organisation sont déterminées par un règlement adopté par le conseil d'administration.